Chromosom 19 - co zdradza jego struktura? O bliskim położeniu pewnych genów07.04.2013

autor: Tomasz Woźniak
słowa kluczowe:

Naukowcom z University of British Columbia w Kanadzie udało się stworzyć model i symulować dynamikę ludzkiego chromosomu 19. Celem badania było sprawdzenie, czy geny oddalone od siebie w sekwencji mogą znaleźć się blisko siebie w przestrzeni w obrębie jądra, co tłumaczyłoby ich wspólną regulację. Do badań wykorzystano metody "gruboziarnistej" dynamiki molekularnej, dzięki której modelowano położenie nici DNA oraz poszczególnych genów. W badaniach uwzględniono dane dotyczące powiązań w produkcji białka lub RNA pomiędzy poszczególnymi genami uzyskane dzięki analizom mikromacierzowym. Badania ukazały, że podobną ekspresję genów na chromosomie 19 w 80 procentach da się wytłumaczyć bliskim położeniem w przestrzeni pomimo dużej odległości w sekwencji. Co ciekawe podobny stan utrzymuje się zarówno w skondensowanym (mitotycznym) chromosomie jak i w stanie gdy jest on mniej skondensowany (interfaza). Ponadto ten sposób ułożenia genów zapewnia też niewielki stopień "splątania" chromosomu.

Literatura:

1.Di Stefano M, Rosa A, Belcastro V, di Bernardo D, Micheletti C; Colocalization of coregulated genes: a steered molecular dynamics study of human chromosome 19; PLoS Comput Biology; 2013; 9(3):e1003019

ISSN 1689-7730