crAssphage- nowo odkryty wirus zasiedlający ludzkie jelita07.08.2014

autor: Katarzyna Tomczak
słowa kluczowe: wirus, bakteria, sekwencjonowanie

Ponad połowa populacji ludzkiej jest gospodarzem nowo odkrytego wirusa crAssphage! Naukowcy z San Diego State University w swoich analizach wykazali, że wirus ten infekuje bakterie z rodzaju Bacteroides wchodzące w skład flory bakteryjnej przewodu pokarmowego człowieka. Dzięki metagenomice, sekwencjonowaniu materiału genetycznego obecnego w próbkach pochodzących z różnych nisz ekologicznych, możliwe jest diagnozowanie oraz odkrywanie nowych populacji bakterii czy wirusów zasiedlających badane środowisko. Naukowcy z San Diego przeskanowali pod względem sekwencji wirusowych metagenom próbek ze stolca osób różnego pochodzenia. Wykorzystując dostępne genomowe dane mikrobiologiczne wykryli, że w badanych przypadkach, oraz w większości opublikowanych wcześniej danych metagenomu ludzkiego jelita, obecna jest sekwencja niezidentyfikowanego do tej pory wirusa! Większość białek kodowanych przez wirusa crAssphage nie nakłada się ze znanymi sekwencjami w dostępnych bazach danych, stąd nie został on do tej pory odkryty. Wiek wirusa szacowany jest na wiek gatunku ludzkiego. Ponadto, bazując na analizach porównawczych, homologii wybranych białek wirusa i bakterii, wskazuje się na preferencję crAssphage do bakterii Bacteriodetes zasiedlających ludzkie jelita. Przed naukowcami jest jeszcze sporo pracy, by odkryć rolę oraz wpływ tej zależności na ludzki organizm.

Literatura:

1. Bas E et al.; A highly abundant bacteriophage discovered in the unknown sequences of human faecal metagenomes. Nature Communications, 2014

2. San Diego State University. "Newly discovered gut virus lives in half the world's population." ScienceDaily. ScienceDaily, 24 July 2014. (czasopismo online: www.sciencedaily.com/releases/2014/07/140724094214.htm)

ISSN 1689-7730