Jak przebiegnie walka z rakiem? NetRank prawie jak Google PageRank.07.06.2012

autor: Tomasz Woźniak
słowa kluczowe:

W chwili obecnej możliwe jest rozpoznanie różnych chorób nowotworowych na podstawie kilku genów. Dużo trudniejszym zadaniem jest przewidzenie prawdopodobnego wyniku leczenia, co mogłoby pomóc stosować leczenie dostosowane do konkretnego pacjenta.

Naukowcy z Niemiec i Szwajcarii opracowali nową technologię pozwalającą na przewidywanie rezultatu leczenia u osób chorych na raka. W swojej pracy wzorowali się na algorytmie wyszukiwarki Google. W dużym uproszczeniu algorytm PageRank stosowany przez Google ocenia strony na podstawie liczby cytowań z innych stron. Dodatkowo połączenia od stron, które mają wyższą punktację są ważniejsze od tych o mniejszej punktacji. W przypadku algorytmu NetRank takim cytowaniem jest powiązanie w jednej z trzech baz danych (TRANSFAC, HPRD oraz COXPRESdb), gdzie znajdują się informacje o powiązaniach pomiędzy poszczególnymi genami. Z kolei ważnością danego genu jest powiązanie jego poziomu ekspresji (produkcji białek kodowanych przez ten gen) z rezultatem leczenia, które następnie jest przekazywane dalej wszystkim "cytowanym" genom. Dokładne testy pokazały, że algorytm okazał się lepszy od innych i dla gruczolakoraka przewodow trzuskowych zidentyfikował siedem genów o największych zdolnościach prognostycznych (STAT3, FOS, JUN, SP1, CDX2, CEBPA, oraz opisywany już wcześniej na łamach IGM - BRCA1). Niestety algorytm mimo wielu zalet nie jest idealny i posiada wiele ograniczeń, niemniej jest to kolejny krok ku medycynie zindywidualizowanej.

Źródło

ISSN 1689-7730